Steindachner studierte zunächst Rechtswissenschaften in Wien, bevor er sich 1856 den Naturwissenschaften zuwandte. Er beschäftigte sich zuerst mit fossilen Fischen. Auf Grund seiner hervorragenden Arbeiten wurde ihm im Jahr 1860 die Leitung der Fischsammlung des Naturhistorischen Museums Wien anvertraut.
Er beschrieb 51 Arten u.a. Labeobarbus steindachneri, Hypoptopoma steindachneri sowie 7 Gattungen.